Archéologie méditerranéenne
Le département d'archéologie méditerranéenne présente la collection égyptienne avec ses sarcophages et sa momie qui avait inspirée à Auguste Mariette sa vocation d'Egyptologue.
Il regroupe également la collection de céramiques grecques constituée de près de 450 pièces de qualité majeure comme le « Suicide d'Ajax » attribué à Exékias ; ce qui fait de cette collection la plus importante de province.